年が明けると、源泉徴収票と給与支払報告書を作って出す季節です。「税務署にも市区町村にも、ほとんど同じものを出している」と感じたことはありませんか。
その二重の提出が、令和9年（2027年）1月から1本になります。市区町村に給与支払報告書を出せば、税務署にも源泉徴収票を出したことになる「源泉徴収票のみなし提出」です。
担当者エルタックスなら、もともとボタン1つで両方に送れていましたよね。中身もほぼ同じなのに、何が変わるんですか？
うさチュウいい質問だね。変わるのは出す先だけじゃなくて、税務署に出す範囲もなんだ。この記事では、変わることを3つにまとめて、国がなぜ1本にしたのかも、公表されている資料から見ていくよ。
結論：令和9年1月から変わる3つのこと
1 税務署に源泉徴収票を出さなくてよくなる
令和9年1月1日以後に提出すべき令和8年分以後の給与所得の源泉徴収票から、市区町村に給与支払報告書を出せば、税務署に源泉徴収票を出したものとみなされます（令和5年度税制改正）。
2 税務署に出す「範囲」が、給与支払報告書と同じになる
これまでの源泉徴収票は、たとえば、年末調整をした一般の従業員では、その会社から払う年間の給与が500万円を超える人などに限られていました。令和8年分からは、年の途中で退職して支払が30万円以下の人を除く、ほぼ全員分にそろいます。
3 エルタックスで出すと、従業員の確定申告が楽になる
エルタックスで出した給与支払報告書は、令和9年2月以降、従業員が確定申告をするときに、給与の情報が自動で入る仕組み（マイナポータル連携）の対象になります。
変わらないこと
従業員本人には、これまでどおり全員に源泉徴収票を渡します。みなし提出になっても、本人への交付はなくなりません。
これまでとの違いを表で比べる
| 項目 | 令和7年分まで | 令和8年分から（令和9年1月〜） |
|---|---|---|
| 出す先 | 税務署（源泉徴収票）と市区町村（給与支払報告書）の両方 | 市区町村だけ（税務署には出したものとみなされる） |
| 税務署に出す範囲 | 年末調整をした人なら、役員は150万円超、弁護士などは250万円超、それ以外は500万円超など | 年の途中で退職して支払が30万円以下の人を除く、ほぼ全員分 |
| 書類の種類（1人分） | 税務署への提出対象の人は税務署用・本人用・市区町村用。対象外の人は本人用・市区町村用 | 本人用・市区町村用（税務署用は基本的に作らない） |
| 本人への交付 | 全員に必要 | 全員に必要（変わらない） |
| 給与支払報告書の出し方 | エルタックス・光ディスク等・紙 | 同じ。どの出し方でもみなし提出の対象 |
※書類の種類は、給与支払報告書を出す場合の例です。電子で出す・電子で渡す場合は、紙の枚数という意味ではありません。
令和8年分の給与支払報告書の提出期限は、令和9年2月1日（月）です（1月31日が日曜日のため）。原則として、従業員の令和9年1月1日の住所の市区町村に出します。年の途中で退職した人は、退職したときの住所の市区町村です。
中身はほぼ同じなのに、なぜ1本にするの？
1人分の中身は同じ。では、何が二重だったのか？
源泉徴収票と給与支払報告書は、書く内容がほぼ同じです。それなのに、提出先も、出す人の範囲も別々でした。紙で出す会社は、範囲の違う2種類を作り分けていました。エルタックスで両方をまとめて作って送れる「一元化」の機能を使っていた会社でも、法律のうえでは2つの書類をそれぞれ出す扱いでした（この一元化の機能は、令和8年9月で終了しています）。
令和9年からは、会社が同じ人の給与の情報を出す先は、市区町村に一本化されます。従業員ごとの提出先の市区町村に出した内容が、市区町村での入力などのあと、税務署にデータ連携されます（国税庁「みなし提出の特例に関するQ&A」問1）。範囲もそろうので、会社が出した1回分の情報を、国と市区町村で使う形になります。
公表資料から分かる、改正のねらい
財務省の広報誌『ファイナンス』（2026年7月号）には、国税庁の担当者がこの改正の背景を書いています。そこから読み取れるねらいは、次の4つです。
- 会社の手間を減らす（主な目的）：ほぼ同じ内容を、別々の提出先・範囲で出す負担をなくす
- 出す範囲をそろえる：「この人はどちらに出す？」と迷わなくする
- 国と市区町村の事務を効率よくする：税務署から市区町村への問い合わせを減らす
- 確定申告を楽に、審査を正確に：給与の情報を確定申告の自動入力に使い、正確な情報で審査の効率化と適正な課税につなげる
この改正は、国税庁が2023年に公表した「税務行政のデジタル・トランスフォーメーション－税務行政の将来像2023－」を形にしたもの、と説明されています。
以前から「二重の提出をなくして」という声があった
2018年の規制改革推進会議の資料には、経済団体から「源泉徴収票や給与支払報告書の提出不要化を検討すべき」という意見が出ていたことが残っています。同じ年に政府は、会社から行政に同じ情報を何度も出させない「ワンスオンリー化」を計画に掲げています。
つまずきポイント
2017年（平成29年）1月から令和8年（2026年）9月まであったのは、エルタックスで両方をまとめて作って送れる仕組み（一元化）です。2027年のみなし提出は、法律のうえで1回出せば両方に出したことになる仕組みで、別の制度です。
会社にとっては手間が減り、国と市区町村にとっては、同じデータを使い回せるようになる改正です。給与支払報告書の出し方を比べると、今回のマイナポータル連携の対象になるのはエルタックスで出したものです。紙や光ディスク等で出した給与支払報告書は、この連携の対象になりません。どの出し方を選ぶかで、従業員が受けられる便利さが変わります。
担当者がこの冬にやること
STEP1 出し方を決める
- エルタックス・光ディスク等・紙のどれで出すか決める
- 電子で出す義務があるか確かめる。令和7年中に税務署に出すはずだった源泉徴収票（改正前の範囲で数える）が30枚以上なら、令和9年はエルタックスか光ディスク等で出す
STEP2 作る書類を見直す
- 給与ソフトで、税務署用の源泉徴収票を作らない設定・出力になっているか
- 本人用の源泉徴収票は、これまでどおり全員分を作る（電子で渡す方法もある）
- 今回いらなくなるのは、この特例の対象の給与所得の源泉徴収票だけ。退職所得の源泉徴収票や報酬の支払調書などを税務署に出すときは、法定調書合計表も引き続き出す（国税庁「みなし提出の特例に関するQ&A」問8）
STEP3 期限と提出先を確かめる
- 令和8年分の給与支払報告書は令和9年2月1日（月）まで
- 提出先は、令和9年1月1日の住所の市区町村（年の途中で退職した人は退職時の住所）
STEP4 従業員に知らせる
- エルタックスで出す会社は、「確定申告で給与の情報が自動で入るようになる（令和9年2月以降）」と案内する
- 自動で入れるには、本人の側でもマイナポータルの利用者登録などの準備と、e-Taxマイページでの「情報取得希望」の登録が必要なことも伝える
つまずきポイント
30枚の数え方に注意。電子で出す義務は、提出期限の属する年の前々年に、改正前の範囲で税務署に出すはずだった源泉徴収票の枚数で判定します（令和9年以後も同じ）。給与支払報告書の全員分の枚数で数えるわけではありません（国税庁「みなし提出の特例に関するQ&A」問9）。
うさチュウとQ&A
担当者税務署に出さなくていいなら、源泉徴収票を作る仕事も減りますか？
うさチュウ税務署用はなくなるけど、本人用は全員分作るよ。それに、給与支払報告書の中身が税務署にもそのまま連携されるから、1回で正しく出すことが今まで以上に大事になるんだ。年末調整の準備から、余裕をもって進めよう。
よくある質問
- 源泉徴収票のみなし提出とは何ですか？
-
令和9年1月1日以後に提出すべき令和8年分以後の給与所得の源泉徴収票について、市区町村に給与支払報告書を出せば、税務署に源泉徴収票を出したものとみなす仕組みです。令和5年度税制改正でできました。会社は税務署に源泉徴収票を出す必要がなくなります。
- みなし提出になったら、従業員に源泉徴収票を渡さなくてもいいですか？
-
いいえ。従業員本人への源泉徴収票の交付は、これまでどおり全員に必要です。書面のほか、条件を満たせば電子で渡すこともできます。
- 紙で給与支払報告書を出しても、みなし提出になりますか？
-
なります。エルタックス・光ディスク等・紙のどれで出しても、みなし提出の対象です。ただし、従業員の確定申告で給与の情報が自動で入るマイナポータル連携の対象になるのは、エルタックスで出した給与支払報告書です。
次に読みたい記事
年末調整・給与支払報告書・住民税と、給与計算の担当者には1年中「期限のある仕事」があります。こうした実務の経験が、外からどう見られているのかは給与計算の経験は転職で評価される？で、実務の担当者の目線でまとめています。
関連記事
参考にした公的機関の情報
- 国税庁「源泉徴収票のみなし提出の特例 特設ページ」
- 国税庁「源泉徴収票のみなし提出の特例に関するQ&A」
- 国税庁「令和8年分 給与所得の源泉徴収票等の法定調書の作成と提出の手引」（給与所得の源泉徴収票）
- 国税庁「法定調書（源泉徴収票、支払調書）の作成と提出」
- 国税庁 タックスアンサーNo.7411「給与所得の源泉徴収票」の提出範囲と提出枚数等
- 国税庁「マイナポータル連携で給与所得の確定申告が簡単に！」
- 財務省『ファイナンス』2026年7月号「令和9年1月から源泉徴収票の提出方法が変わります」
- 規制改革推進会議（2018年10月17日）「経済団体の意見に対する各省からの回答」
※この記事は2026年10月時点の公的情報をもとに、一般的な内容をまとめたものです。制度の細かな取り扱いは変わることがあります。最新の情報は国税庁の特設ページと、提出先の市区町村の案内でご確認ください。